呼吸内科（暨呼吸疾病研究所）为国家重点学科。科室现有教师系列人员24人，其中博士生指导教师8人，留学归国人员占82%，50岁以下师资的80%已获博士学位。研究所临床部建筑面积近4000平方米，拥有病床71张，其中内科ICU（MICU）床位9张、睡眠呼吸障碍诊治床位4张。研究所实验部建筑面积600余平方米，下设6个研究室，专职科研人员8名。

科室在① 间质性肺病和肺损伤、② 慢阻肺-肺动脉高压及哮喘、③肺部感染和呼吸重症救治、 ④睡眠呼吸障碍和肺功能等临床和科研领域居国内领先或先进地位，部分领域在亚洲及国际上有一定影响。近十年，承担国际性合作课题（牵头）2项、国家攻关课题（牵头）2项、国家自然科学基金课题13项；发表国外SCI论文30余篇、国家级核心杂志论文500余篇；主编专著10余部；获省部级以上科技奖17项。

本科室著名专家：康健